Pour chaque variable numérique, on peut spécifier deux codes de données manquantes (MD) dans un dictionnaire ; ces valeurs peuvent servir à remplacer les valeurs non numériques et à traiter les observations contenant des données manquantes.
La valeur x est considérée par IDAMS comme une donnée manquante si :
Quand les champs MD1 ou MD2 dans le dictionnaire sont laissés en blanc, cela implique qu'il n'y a pas de code de données manquantes, et non pas que les blancs soient un code de données manquantes ; càd les blancs ne peuvent pas représenter des données manquantes dans un fichier Données.