• 1. Introduction
• 2. Les méthodes de séquençage d'acides nucléiques et l'acquisition des données
• 3. Réponses des plantes aux stress biotiques et abiotiques - rôles des protéines LEA et des protéines de choc thermique (HSP)
• 4. Arabidopsis thaliana et les plantes modèles

• 5. Transcriptomique
• 1. a. Analyse des données d'expression issues des puces à ADN
  2. b. Effet de différents stress (ABA, dessication, froid, salinité) sur l'expression de génes d'Arabidopsis thaliana - Analyse d'article
  3. c. Les marqueurs de séquences exprimées ou "EST" ("Expressed Sequences Tags")
  4. d. EST et puces à ADN pour l'étude du comportement de l'abeille Apis mellifera - Analyse d'article
  5. e. Quelques méthodes d'analyse quantitative du transcriptome et de l'expression des gènes (SAGE et ses dérivés - MPSS - CAGE - RNA-seq)

• 6. Protéomique
• 1. a. Notions théoriques
  2. b. Applications

• 7. Métabolomique : modèles de reconstruction métabolique à l'échelle d'un génome, réseau de régulation métabolique
• 8. L'annotation en génomique fonctionnelle et protéomique

• 9. Bioinformatique
• 1. a. Algorithmes et programmes de comparaison de séquences
  2. b. Les matrices de substitution