Les URL des outils nécessaires sont dans le fichier "Sequences Examen M1 BTV 2011".

1. Traduire la séquence nucléotidique intitulée "SequenceNucleotidiqueDepart" du fichier "Sequences Examen M1 BTV 2011".

2. Choisir la phase de traduction la plus probable (la protéine fait environ 170 acides aminés) et la convertir au format FASTA.

3. Aligner cette séquences traduites avec la séquence protéique intitulée "SequenceProteineDepart" du fichier "Sequences Examen M1 BTV 2011".

Quelle est la partie non homologue entre ces deux séquences ?

4. Faire un "PHI-BLAST" avec la séquence protéique intitulée "SequenceProteineDepart" et le motif : N-P-Y-x(4,5)-P[IV]-x-[ADEQ].

• Quelle est la meilleure "e-value" ?
• De quelle protéine s'agit-il très probablement ?
• Préciser le N° d'accession, l'organisme, le nombre d'acides aminés.
• S'il s'agit d'une enzyme, quel est le N° EC ?
• A-t-on déterminé une structure pour cette protéine ?
• Préciser le N° d'accession de cette structure.
• Quelle base de données la contient-elle ?

5. Lancer une seconde itération "PSI-BLAST" ("Run PSI-Blast iteration 2 with max = 50).

• La protéine qui a la meilleure e-value est-elle la même qu'à la 1ère itération ?
• Y en a-t-il de nouvelles dans les 50 première retours et si oui, sont-elles très fortement, fortement, moyennement, faiblement ou très faiblement similaires avec la séquence requête ?

6. Récupérer et sauvegarder la séquence FASTA du meilleur résultat de BLAST.

Dans la suite de ce texte, cette séquence sera intitulée "protéine identifiée".

7. Aller à "Expasy Proteomics tools". Trouver lune application qui permet de calculer la masse molaire et le pI.

• Quelle est la masse molaire de la "protéine identifiée"?
• Quel est le pI ?

8. Aller à "Prosite". Lancer "ScanProsite" avec la séquence "protéine identifiée".

Un motif est-il détecté ?