Visualisation et modélisation des structures de protéines

1. Logiciels, tutoriaux et plug-in pour la visualisation de protéines

Liens vers des interfaces Web permettant de visualiser et de modéliser des structures protéiques :

• prédiction de structures secondaires
• prédiction de structures tertiaires

2. Visualisation de la calmoduline de l'homme, non complexée au calcium, à une résolution de 1,7 Å

• La calmoduline, est une protéine clé de la transduction du signal calcique
• elle fixe 4 atomes de calcium de manière séquentielle, ce qui induit un changement de sa conformation
• elle adopte alors une conformation "activante" qui lui permet d'interagir avec ses protéines cibles et en moduler l'activité

Code PDB : 1CLL

Acides aminés des 4 motifs "EF - hand" :

• EF1 : X = D20 (OD2); Y = D22 (OD1); Z = D24 (OD2); -X = H2O; -Y = T26 (O); -Z1 = E31 (OE1); -Z2 = E31 (OE2)
• EF2 : X = D56; Y = D58; Z = N60; -X = H2O; -Y = T62; -Z1 = E67; -Z2 = E67
• EF3 : X = D93; Y = D95; Z = D97; -X = H2O; -Y = Y99; -Z1 = E104; -Z2 = E104
• EF4 : X = D129; Y = D131; Z = D133; -X = H2O; -Y = Q135; -Z1 = E140; -Z2 = E140

Cliquer sur les acides aminés puis sur le bouton sphères ou batonnets ou "0%" pour faire disparaitre les sphères.

Pour faire apparaître de multiples fonctions du menu Jmol :

• clic sur "Jmol" (Mac)
• clic droit sur "Jmol" (PC)